一般来说，富硒农业可分为天然富硒农业与人工富硒农业。天然富硒农业是利用富硒地区丰富的硒资源自然生长的富硒农产品。我国拥有湖北恩施、陕西紫阳等少数几个高硒区，研究发现，土壤中硒含量与其上生长的植物硒含量有良好的相关性，因此可以充分利用高硒地区天然的土壤优势生产多种富硒农产品。
而对于环境中硒相对缺乏的地区，则可以通过增施硒源来生产富硒产品。人工富硒农业主要是通过人工制造富硒环境（植物根部施硒肥和叶面喷硒）和生物转化的方法，以及采用富硒饲料来生产富硒农产品。人工富硒农业的方法包括微生物富集法、动物转化法以及植物转化法。
（一）微生物富集法
微生物富集法生产的富硒营养食品主要包括富硒酵母和富硒真菌。富硒酵母是一种很好的功能性食品。酵母的富硒能力很强且易将无机硒转化为有机硒，通常酵母体内硒含量为500~1500μg/kg，其中，有机硒高达95%左右，且主要以硒蛋白和硒代氨基酸的形式存在。另外，富硒食用菌的研究已经涉及金针菇、平菇、灵芝、蛹虫草、灰树花、猴头菇、香菇、木耳、姬松茸、茶树菇、鸡腿菇、秀珍菇、鲍鱼菇、白灵菇、槐耳等多个种类。
（二）动物转化法
动物转化法生产富硒产品是指通过饲料中加入硒，增加动物产品中的有机硒含量，从而生产出富硒蛋、奶、肉、禽产品，如富硒肉食制品、富硒蛋、富硒蜂蜜等。通过在猪词料中添加硒代氨基酸纳米分子，可以用来生产富含有机硒的富硒猪肉；富硒蛋的生产方法是在蛋鸡词料中歇式添加亚硒酸钠或硒酵母，连续饲喂后即可得到富硒蛋；富硒牛奶是用较高含硒量的饲料饲喂奶牛，从而生产出富硒牛奶，人体对该类富硒乳制品硒蛋白的吸收率很高，可以很好地改善人体免疫力，提高抗病能力。
（三）植物转化法
通过提高植物中硒含量，从而通过饮食方式加大人体硒摄入量是一项经济、方便、可行性强的措施，且通过植物转化法可以生产出食用广泛的产品，如粮食、蔬菜和水果等，目前，已经生产出名目繁多的各种富硒植物产品。
目前，植物富硒的方法有多种，但应用最为广泛的主要是通过土壤施硒、叶面喷硒及拌种富硒等方式富硒。①土壤施硒即直接向土壤中撒施硒肥的方式，可以有效提高作物体内硒的含量，芬兰在20世纪80年代开始就向土壤中施入亚硒酸钠形态的硒肥，使芬兰居民从膳食中摄入的硒量大幅提高，满足了人体对硒的需求量；②叶面喷硒是也常用的植物富硒方式之一，可以有效提高植物中硒含量。试验结果表明，按照每公顷10000平方米土地喷施5~10g的硒肥量，可使大麦中的硒含量提高到0.1mg/kg左右。通过对黑龙江低硒土壤上种植的农作物叶面喷施硒肥，结果发现小麦、大豆和玉米的籽粒含硒量从0.05mg/kg 提高至0.2mg/kg以上，达到正常硒含量标准；使用纳米硒一次性喷施会更省人工且吸收转化率比普通富硒肥更高，农产品品质更高。
