种植富硒水稻首先要考虑的自然条件是水资源，富硒水稻是需水量较大的作物（整个生育期需水量为500-800mm），在孕穗抽穗等关键生育期是不能缺水，即使旱稻能够在旱地生长，一生可不建立水层，若要产量和米质好，此期也需要浇水（或靠降雨），保持土壤湿润。
据了解，富硒水稻所消耗的水量占农业用水量的70%，是用水大户，在水资源短缺的地区是很难大面积种植富硒水稻的，像华北平原不适宜种植富硒水稻，此前答过澳大利亚种植富硒水稻面积很少，主要原因都是水资源匮乏的问题。有的地区即使降雨量较多，但降雨分布不均匀导致出现干旱、洪灾、暴雨等，也是影响富硒水稻种植的重要因素。
第三是光照，富硒水稻是短日照植物，在生长过程中需要充足的光照（整个生育期所需光照1200-1600小时），才能促进富硒水稻生长发育，有利于干物质的积累，光照不足会导致籽粒灌浆不饱满，产量和品质下降。
第四是土壤，富硒水稻的祖先野生稻生长在沼泽地，其适应性极强，但种植富硒水稻肯定是要追求效益，土壤不能过于贫瘠，像盐碱地以往是不能种植富硒水稻的，现因富硒水稻品种（耐盐碱富硒水稻）的突破才被逐渐开发。种植富硒水稻时要根据土壤肥力情况合理施用肥料，满足富硒水稻生长所需的营养。
